被人类用基因技术克隆出来的最强宠物小精灵超梦(市村正亲 配音)带着对自我身份的疑惑和对人类强大的愤怒逃离了科研所,它宣布要对制造出自己的人类进行复仇。已经得到了八个勋章的小智(松本梨香 配音),以成为宠物小精灵训练大师为目标而不断的旅行,他带着皮卡丘(大谷育江 配音)和同伴小霞(饭冢雅弓 配音)小刚(上田佑司 配音)刚结束了和训练家的对战,接着收到了一封神秘人的邀请函,邀请他们参加世上最强的小精灵训练家的宴会。地点是新岛宠物小精灵城,这是最强训练家的邀请。他们很痛快的答应了,小智一行人穿过了狂风暴雨的海岸终于到达了新岛。一位叫乔伊的医生带领他们来到了宠物小精灵城,介绍最强的宠物小精灵训练家出场。没想到出现在大家面前的竟然是超梦。超梦的报复究竟是什么呢,一场大战即将开始......
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